L'épisode des "Anges"—cette secte secrète qui précipite la perte de Zénon—illustre parfaitement l'art de Yourcenar pour mêler l'intime et l'historique, le spirituel et le charnel. Cette affaire, apparemment anecdotique, révèle en réalité tous les enjeux de l'époque: répression religieuse, frustrations sexuelles, quête mystique dévoyée.
Cyprien, ce jeune moine qui dirige le groupe, incarne cette génération post-réforme déchirée entre aspiration spirituelle et révolte contre l'autorité. Son nom même—évoquant saint Cyprien de Carthage, docteur de l'Église—souligne l'ironie de sa situation. Ce gardien supposé de l'orthodoxie devient le chef d'une secte qui parodie les sacrements chrétiens dans des orgies nocturnes.
La participation d'Idelette de Loos, cette noble damoiselle qui rejoint les moines par un passage souterrain reliant le couvent au monastère, ajoute une dimension sociale à ce drame spirituel. L'aristocratie déclinante trouve dans ces pratiques hétérodoxes un exutoire à sa frustration politique. Ces "Anges" qui se croient au-dessus des lois humaines reproduisent inconsciemment les privilèges de leur caste dans le domaine religieux.
Zénon découvre l'existence de cette secte par hasard, lors d'une visite médicale à Idelette. Sa réaction révèle la complexité de sa position morale. Athée convaincu, il ne peut que mépriser ces parodies de mysticisme. Médecin expérimenté, il redoute les conséquences d'une grossesse qui révélerait publiquement les activités du groupe. Homme compatissant, il tente de protéger ces jeunes gens qu'il juge plus égarés que coupables.
Cette bienveillance lui sera fatale. Quand Idelette accouche prématurément et étrangle son nouveau-né, l'enquête révèle l'existence de la secte. Cyprien, soumis à la torture, dénonce tous ses complices, y compris Zénon qu'il présente comme le véritable inspirateur du groupe. Cette accusation mensongère—Zénon n'a jamais participé aux réunions—révèle le mécanisme des persécutions religieuses: il suffit d'une dénonciation pour transformer un innocent en coupable.
Le procès qui s'ensuit illustre parfaitement les méthodes de l'Inquisition. Pierre Le Coq, représentant du duc d'Albe, mène l'accusation avec cette logique implacable qui caractérise les tribunaux d'exception. Peu importe que Zénon n'ait jamais participé aux activités des "Anges"; son passé d'hérétique notoire suffit à établir sa culpabilité. L'accusation porte d'ailleurs moins sur des faits précis que sur une attitude générale: l'athéisme de Zénon constitue en lui-même un crime suffisant.
La confrontation entre Zénon et Bartholomé Campanus, son ancien précepteur devenu évêque et juge, constitue l'un des moments les plus poignants du roman. Campanus, inspiré de la figure historique de l'évêque humaniste, incarne cette génération d'ecclésiastiques éclairés qui ont vu leurs espoirs de réforme déçus par la radicalisation des positions. Il comprend la valeur intellectuelle de Zénon mais ne peut plus le sauver sans compromettre sa propre position.
Le sort des autres accusés révèle la hiérarchie implacable de la répression. Florian, simple moine sans défense, brûle en hurlant sur le bûcher. Idelette, noble mais femme, a la tête tranchée—privilège de sa naissance qui lui épargne le feu. Pierre de Hamaere, comptable du monastère, s'empoisonne en prison. Seul Zénon bénéficie d'un sursis, en raison de sa réputation européenne qui embarrasse les autorités.
Cette gradation dans les châtiments révèle que la justice inquisitoriale n'est pas aveugle. Elle tient compte des rapports de force sociaux et politiques. La lettre de Campanus à Philibert Ligre, sollicitant l'intervention de la famille bancaire en faveur de Zénon, illustre ces tractations souterraines où se mêlent considérations religieuses et intérêts financiers.
Le refus de Philibert d'intervenir—avec "l'approbation silencieuse de Marthe"—révèle l'évolution de la famille Ligre. Cette bourgeoisie marchande, autrefois tolérante par intérêt commercial, a désormais choisi le conformisme religieux. Zénon, le bâtard génial, devient encombrant pour des parents soucieux de respectabilité sociale.