Pour bien comprendre la trajectoire de Zénon, il faut d'abord visualiser le milieu étouffant qu'il rejette. Il n'est pas n'importe qui—il est le fils illégitime d'Alberico de Numi, un prélat italien de passage, et de Hilzonde Ligre, la sœur d'un riche banquier de Bruges. Cette origine bâtarde le place d'emblée à la lisière de la société : il a le sang des puissants mais n'a aucun droit à leur héritage. On le destine à l'Église, la voie royale pour les fils de famille encombrants, mais Zénon a soif d'une autre forme de vérité. À vingt ans, il décide de briser ses chaînes. Son départ n'est pas une simple promenade—c'est une rupture radicale avec le confort matériel des Ligre. Il abandonne les études de théologie pour se lancer sur les routes d'Europe, cherchant dans les livres interdits et dans l'observation de la nature ce que les prêtres ne peuvent lui enseigner. C'est ici qu'intervient une figure essentielle de son périple : son cousin, Henri-Maximilien Ligre.
Henri-Maximilien est le miroir inversé de Zénon. Alors que Zénon cherche la maîtrise de l'esprit et de la matière par la connaissance, Henri-Maximilien cherche la gloire par les armes. C'est un "aventurier de la puissance", un jeune homme plein de sève qui veut marquer son temps par des exploits militaires et des vers de poésie. Leur rencontre au début du récit, alors qu'ils quittent tous deux leur foyer, scelle un contraste frappant qui durera toute leur vie. Ils se croisent sur une route, symboles de deux jeunesses qui refusent le destin tracé par leurs pères. Henri-Maximilien part servir les rois et les empereurs, tandis que Zénon s'enfonce dans l'ombre des laboratoires et des hôpitaux de fortune. Cette séparation marque le début de la première phase de la vie de Zénon—ce que les alchimistes appellent l'Œuvre au Noir, une phase de dissolution, de séparation et de confrontation avec les aspects les plus sombres de l'existence.
Zénon ne se contente pas de lire—il expérimente. Il devient médecin, mais un médecin d'un genre nouveau, qui n'hésite pas à pratiquer des dissections clandestines pour comprendre la mécanique du corps humain. Pour lui, la médecine n'est pas seulement un métier, c'est une philosophie en action. Il voyage vers le Sud, traverse les Alpes, se rend en Italie, puis en Espagne, et s'aventure même en Orient. Partout, il observe les ravages de la maladie et l'absurdité des dogmes. Il apprend que le savoir est une arme dangereuse. En Espagne, il frôle le bûcher pour ses opinions jugées hérétiques. Il commence à publier des ouvrages qui font scandale, où il remet en question la place de l'homme dans l'univers. À cette époque, Zénon est un homme traqué, changeant de nom, de costume et de langue pour échapper aux filets de l'Inquisition qui se resserrent sur l'Europe. Sa réputation grandit dans les cercles savants, mais il reste un étranger partout où il passe, un homme qui "sait qu'il ne sait pas ce qu'il ne sait pas", poussant la logique socratique jusqu'à ses limites les plus inconfortables.
Cette période de nomadisme est cruciale car elle forge son caractère de "héros tragique". Contrairement à l'empereur Hadrien, qui domine son monde avec une sérénité solaire, Zénon est constamment écrasé par la lourdeur de son époque. Il voit la laideur du monde de près—les plaies ouvertes, les corps déformés par le travail ou la torture, et surtout l'ignorance crasse qui régit les cités. Sa relation avec sa mère, Hilzonde, reste une blessure lointaine. Pendant que Zénon court les routes, Hilzonde s'est remariée avec un marchand de Münster, Simon Simonis. Elle finit par sombrer dans le fanatisme religieux lors du siège sanglant de la ville par les anabaptistes. Cette tragédie familiale, où la distinction entre victimes et agresseurs s'efface dans une violence aveugle, renforce le dégoût de Zénon pour les mouvements de masse et les certitudes fanatiques. Il comprend que l'homme est son propre destructeur, une "entreprise qui a contre elle le temps, la nécessité et la fortune".